بخش  داخلی مرکز آموزشی ، تحقیقاتی و درمانی قلب شهید رجایی ، یکی از فعال ترین و گسترده ترین بخش های  مرکزی می باشد که شامل گروههای اینترونشنال کاردیولوژی ، الکتروفیزیولوژی ، اکو کاردیوگرافی ، نارسایی قلب و بیماری های مادرزادی قلب بزرگسالان می باشد.
بسیاری از متخصصین  قلب و عروق  کشور ، فارغ التحصیل این بخش بیمارستان می باشند و همچنین در رشته های فوق الذکر فلوشیپ های فوق تخصصی آموزش می بینند.
دو گروه جدید نارسایی قلب و بیماری های مادرزادی قلب بزرگسالان منحصرا در این مرکز به جذب و آموزش فلوشیپ های فوق تخصصی مشغولند